Alperia ha adottato il sistema dualistico ai sensi dell’art. 2409 octies del Codice Civile, che prevede la presenza di un Consiglio di Gestione, composto da sei componenti, e di un Consiglio di Sorveglianza, composto anch’esso da sei componenti, di cui tre nominati dalla Provincia Autonoma di Bolzano e da Selfin Srl e tre nominati dai Comuni di Bolzano e Merano. Nella composizione dei due organi deve essere assicurato il rispetto della normativa vigente in materia di equilibrio tra i generi.
La gestione operativa della Società è affidata alla Direzione.